東京電力公司曾多次被曝出有隱瞞事故和篡改報告的行為。原日本通產省資源能源廳收到兩份內部舉報信。信中說，東京電力公司在1987年至1995年對下屬核電廠進行維修和檢查時，發現了一些反應堆管道有裂痕，但東京電力公司未按規定向核安全管理部門報告，也沒有及時檢修。同時，該公司還存在 “隱瞞事實及提交虛假報告”的問題。

2002年，東京電力公司承認與29起編造虛假檢查報告的事件有關。東京電力也在次年4月之前，關閉了所有17座反應堆以備徹底檢查。其中福島第一核電站一號機組由于未按要求進行安全殼密封試驗而被要求強制關閉一年。

2007年1月，東京電力公司在向經濟產業省提交的調查報告中承認，從1977年起在對下屬福島第一核電站、福島第二核電站和柏崎刈羽核電站的13座反應堆總計199次定期檢查中，存在篡改數據和隱瞞安全隱患的行為，其中就包括造成福島核事故中的緊急堆芯冷卻系統失靈問題。

除了擅自篡改數據并隱瞞事故外，東京電力下屬福島第一核電站還存在著超期服役的問題。2011年地震發生前，福島第一核電站一號機組已經服役40年，出現了一系列老化的跡象;但最后第一核電站仍然決定為其“延壽”20年。

東電公司在福島核事故處理的過程中，也有過多次“不誠實”的記錄。在福島第一核電站發生核泄漏事故后第3天，東京電力公司一度想完全放棄這座核電站，集體撤離，任由其自行泄漏。

核事故發生后一周，專家就已作出第一核電站1號到3號機組已經發生爐心熔融的判斷，但東京電力公司拒不對外公布反應堆“堆芯熔化”，選擇用明顯弱化了危機強度的“堆芯損傷”來表述。在被迫承認“堆芯熔化”后，東京電力公司又聲稱，一直沒有意識到公司掌握有關“堆芯熔化”的標準。而實際上，東京電力公司判斷“堆芯熔化”的定義是“堆芯損傷比例超過5%”，東電公司一直都掌握這一社內手冊規定的標準。根據這一標準，在2011年3月14日東京電力公司就應該宣布“堆芯熔化”，但是這一信息被有意隱瞞了下來。